En 1990, en el entonces Departamento de Sociología y Trabajo Social, de la Universidad Autónoma de Tlaxcala (UATx), se desarrolló el proyecto de investigación “Producción, Riqueza y Deterioro Ambiental. El caso de la Cuenca del Atoyac” (Proyecto PRIDA); que operó con la asesoría del Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional (CINVESTAV), bajo el patrocinio del Comité de Planeación para el Desarrollo del Estado de Tlaxcala (COPLADET) y de la Secretaría de Investigación de la UATx.
Una vez concluido dicho proyecto, la inquietud académica ocasionada en la UATx llevó a que el 11 de mayo de 1992 se creara el Centro de Investigaciones Interdisciplinarias Sobre Desarrollo Regional, CIISDER, teniendo como eje rector la generación de investigación encaminada al desarrollo regional en el estado de Tlaxcala.